六十年代的WWF
在世界自然基金会创始阶段的一位重要人物是英国著名的生物学家朱安利.赫胥黎。他曾是联合国教科文组织第一任总干事，也曾帮助建立了一个以科学研究为主的自然保护机构－－世界自然保护联盟（IUCN）。
1960年，赫胥黎前往东非，作为联合国教科文组织在该地区野生动物保护活动的顾问。在那里，他被自己的所见所闻惊呆了。回到伦敦后，赫胥黎在《观察家》报上发表了三篇文章以警告英国公众。他在文章里指出，如果我们人类以如此的速度去破坏动物栖息地，捕杀野生动物，那么该地区的野生物种在20年内就会毁灭殆尽。
赫胥黎的文章在英国引起了轰动，公众们开始认识到自然保护是一个严峻的问题，赫胥黎收到许多公众的来信，其中包括一位名为维克多.斯托兰的商人。他在信中指出创立一个国际组织来筹集保护自然的资金是多么的需要。
然而斯托兰指出自己的身份不适合亲自创办这样的组织。赫胥黎于是与英国自然保护组织总干事鸟类学家马克斯.尼科尔森取得联系，并一起积极为此开始努力。
1961年，尼科尔森召集了一批科学家和公共关系专家，这些人都十分赞同成立斯托兰所建议的基金会。由于新成立的基金会计划与世界自然保护联盟携手合作，而此前世界自然保护联盟已将其总部迁到瑞士日内瓦湖北岸莫尔日的一个小镇，他们便决定将基金会的总部也设立在这个小镇上。
世界自然保护联盟对这个初出茅庐的组织十分欢迎。在双方合作协议书上这样写到："我们将共同努力，去唤起公众的意识，让世界认识到保护大自然的重要。"
在这个时候，大熊猫"熙熙"也来到英国的伦敦动物园访问。世界自然基金会认识到一个具有影响力的组织标志可以克服所有语言上的障碍。于是他们一致赞同将大熊猫动人的形象作为该组织的象征。从此，可爱的大熊猫便成为全球自然保护运动的一个偶像标志。
世界自然基金会在1961年9月11日正式作为慈善团体登记注册，从此一场为拯救地球的集资活动开始了。
这些创始人认为，组织最有效的工作方式是在各个国家设立分支机构。于是该组织展开了国家计划项目，在各国所筹集的基金的三分之二转交给瑞士莫尔日的世界自然基金会，以此来开展国际间的项目活动，其余的则归各国分支机构支配。
世界自然基金会还一直与已存在的民间环保团体合作，凭据最新的科学知识来提供援助活动，这一政策是该基金会始终坚持执行的。世界自然基金会第一批捐助对象包括世界自然保护联盟、国际鸟类保护委员会，即如今的国际鸟类组织、国际水禽研究所，以及国际青年研究和保护自然联合会。
世界自然基金会第一个国家计划于1961年11月23日在英国建立，爱丁堡公爵担任主席。12月1日，美国也继而成立了世界自然基金会国家机构，紧接着是瑞士。
从那以后，世界自然基金会不断成长，国家计划也被国际组织所代替。如今世界自然基金会拥有28个这样的国家团体。每一个国家组织都是一个独立的法律实体，对各自的组织机构和捐款人负责。而世界自然基金会的国际总部工作人员和委员会也是来自各国分支机构的。世界自然基金会在世界各国还设有许多项目办事处和代表机构。
在起初的三年里，世界自然基金会为各种生态保护项目筹集并捐助了大约一百九十万美元，其中大多数是由个人捐赠的。例如，在英国《每日镜报》上登载的一篇关于这个组织的文章，使得英国公众在一个星期内就捐款达6万英镑。
世界自然基金会对诸如世界自然保护联盟和国际鸟类组织这样的国际性组织捐赠资金的数目都比较大，它同时也资助查尔斯.达尔文基金会在加拉帕戈斯群岛开展的一些活动。如今，世界自然基金会仍在支持加拉帕戈斯群岛的生态保护工程，并帮助厄瓜多尔政府建立了加拉帕戈斯国家公园，以控制新的物种对岛上原有物种的侵害，同时建立了研究、训练和教育计划。而今，加拉帕戈斯群岛可以作为生态旅游与科研、保护和谐发展的一个典型例子。
世界自然基金会的大多数资助项目都比较小。1962年，世界自然基金会为印度阿萨姆邦上西隆高原地区的佩济先生资助131美元，以保证其能够前往卡奇沼泽地区去调查印度野驴的现有数目。佩济找到了870只。到1975年，这种野驴的数目降到了400只，并面临着灭绝的危险。于是一场营救计划展开了，世界自然基金会在该地区设立了野驴保护区，到八十年代中期，野驴的数目已超过2000只。
世界自然基金会早期还为肯尼亚马萨马拉禁猎区提供了一个推土机和旋转割草机；资助哥斯达黎加对白蝴蝶猴的调查；帮助国际鸟类组织韩国分会主席金教授参加在纽约的国际会议和在西雅图举行的世界国家公园大会。
1969年，世界自然基金会与西班牙政府联手购买了瓜达尔基维尔河三角洲的沼泽地带，并建立了科托多纳纳国家公园。这片重要的湿地是西班牙帝鹰和山猫最后一片生存地，如今它正受到当地增加农业生产和旅游业计划的威胁。世界自然基金会仍然支持着这片湿地的保护，并强烈反对给沼泽地进行排水，用来灌溉海岸农田和扩大旅游设施的建议。
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